يتفرع النوبيون إلى عدة فصائل أو " بطون " صغيرة شأنهم في ذلك شأن معظم القبائل السودانية الكبيرة. سبب هذا التقسيم يرجع ربما إلى العامل الجغرافي وطبيعة المنطقة التي اقتضت توزع السكان في مجموعات صغيرة استقرت كل منها في جزء معين من الإقليم النوبي بعيدا عن المجموعات الأخرى بهدف تقاسم الموارد الشحيحة للمنطقة .
وبالرغم من عدم وجود أية فروق جوهرية في العادات والتقاليد ما بين هذه البطون ، إلا أنه يمكن ملاحظة اختلافات طفيفة في اللهجة من منطقة لأخرى بدرجة طفيفة جدا لا يلحظها إلا النوبيون أنفسهم .
وعموما فإن النوبيين لا يكترثون كثيرا بهذه الفروق الطفيفة ، بل يرون أنفسهم - على اختلاف لهجاتهم - نسيجا واحدا لا يمكن التفرقة بين عناصره . ولعل روح الانتماء المشهودة لدى النوبيين وإصرارهم على التمسك بالأصالة هو ما ساعدهم على الوقوف في وجه المحاولات المتكررة التي تعرضوا - وما زالوا يتعرضون - لها لطمس هويتهم أو فصلهم عن الجذور .
أهم التقسيمات التي يندرج نوبيو اليوم تحتها :
1- الكنوز ( الماتوكية ) :
وهم نوبة مستعربة اختلطوا من عهود بعيدة بالعنصر العربي حيث صاهر زعماءهم أفراد من قبيلة ربيعة الوافدة فاكتسبوا الدماء العربية . كانت لهم منعة ومكانة مرموقة أبان الفتح الإسلامي لمصر و أسسوا في فترة من الفترات إمارة نوبية عربية كانت عاصمتها أسوان . كان ولاءهم قويا للفاطميين الذين استعانوا بهم في نشر الإسلام في بلاد النوبة .
موطنهم الأصلي هو "مريس" والمناطق المجاورة لها ، إلا أنهم ينتشرون الآن في رقعة واسعة من جنوب مصر وتحديدا على الحدود السودانية المصرية ، وهم يتحدثون اللغة النوبية باللهجة الكنزية

2- الفادجا والماتوكية :
من فصائل النوبة الأصليين .
3- الإلـقـــــاد :
عرب استوطنوا حول كورسكا واختلطوا بالنوبة وتعلموا لغتهم
4- الحلفــاويين :
يتمركزون ما بين الشلالين الثاني والثالث بدءا من الحدود السودانية المصرية وحتى بطن الحجر. يتحدثون اللغة النوبية بلهجة الكنوز .
5- المحـــــــس :
يستوطنون ما بين الشلالين الثاني والثالث بما فيها بطن الحجر والسكوت والمحس .
6- الدناقلــــــــة :
من الشلال الثالث حتى حدود الشايقية بالقرب من مدينة الدبة . تختلف لهجتهم من بقية اللهجات النوبية ، ويعتقد أنها الأقدم .